Trong những ngày cuối cùng của cuộc chiến, Himmler đã khuyên Höss nên ngụy trang thành một trong số những lính Hải quân Đức. Höss đã trốn được gần một năm. Đến ngày 11 tháng 3 năm 1946, Höss bị lính Anh bắt ở Gottrupel khi đang cải trang thành một người làm vườn với cái tên giả là Franz Lang.[24] Vợ của Höss do lo sợ con trai mình là Klaus bị bắt sang Liên Xô và bị giam trong tù, hoặc là bị tra tấn, nên đã nói với lính Anh chỗ ẩn náu của chồng.[25] Trong số những người tham gia bắt giữ Höss khi đó, dẫn đầu là Hanns Alexander, một chàng trai trẻ người Do Thái đã buộc phải chạy trốn sang Anh cùng với toàn bộ gia đình của mình trong suốt thời gian Đức Quốc xã nắm quyền lực.[26] Ban đầu, Höss phủ nhận danh tính cho đến khi Alexander để ý thấy chiếc nhẫn cưới và yêu cầu muốn được kiểm tra nó. Höss từ chối tháo nhẫn, lấy lý do là nó bị mắc kẹt. Nhưng sau đó Alexander đã đe dọa cắt ngón tay của Höss, và ông đành tháo nhẫn; bên trong nó có khắc tên Rudolf và Hedwig.[24] Sau khi bị lính Anh tra hỏi và đánh đập, Höss đã thú nhận tên thật của mình.[24][27]

Rudolf Höss có mặt tại tòa án Nuremberg vào ngày 15 tháng 4 năm 1946 và ông đã cho ra lời khai chi tiết về tội ác của mình. Ông được gọi lên như là một nhân chứng và được luật sư Dr. Kauffman bào chữa.[28][29] Các bản sao lời khai của Höss sau này đã được sử dụng như là một bằng chứng trong tòa án quân sự Nuremberg lần thứ 4 được biết đến với cái tên tòa án Pohl.[30] Những bản khai của Rudolf Höss trong trại giam tại Nuremberg cũng được sử dụng tại các tòa án Pohl và IG Farben.

Trong bản khai của mình tại Nuremberg vào ngày 5 tháng 4 năm 1946 Höss đã phát biểu:

Tôi chỉ huy trại Auschwitz cho đến ngày 1 tháng 12 năm 1943, và ước tính rằng đã có ít nhất 2.500.000 nạn nhân bị hành quyết bằng khí độc và tiêu diệt bằng cách thiêu hủy xác, cùng với ít nhất nửa triệu người khác chết vì đói và bệnh tật, khiến cho tổng số người thiệt mạng vào khoảng 3.000.000. Con số này đại diện cho khoảng 70 hoặc 80% tổng số tù nhân được chuyển đến trại, số còn lại được chọn lựa và sử dụng như là lao động nô lệ phục vụ cho các nhà máy công nghiệp trong trại tập trung. Trong số những nạn nhân bị hành quyết và thiêu xác bao gồm xấp xỉ 20.000 tù binh chiến tranh Liên Xô (mà trước đó đã được lọc ra từ các trại giam tù binh chiến tranh của Gestapo) được đem đến Auschwitz bằng các hoạt động vận chuyển của Wehrmacht. Số nạn nhân còn lại bao gồm khoảng 100.000 người Do Thái Đức cùng một số lượng lớn công dân (hầu hết là Do Thái) của các nước Hà Lan, Pháp, Bỉ, Ba Lan, Hungary, Tiệp Khắc, Hy Lạp, và một vài nước khác. Chúng tôi đã hành quyết khoảng chỉ riêng 400.000 người Do Thái Hungary trong mùa hè năm 1944.[31]

Höss được bàn giao cho chính quyền Ba Lan vào ngày 25 tháng 5 năm 1946 và tòa án tối cao Ba Lan đã xét xử ông về tội giết người. Phiên tòa xét xử Höss kéo dài từ ngày 11 tháng 3 cho đến 29 tháng 3 năm 1947. Khi bị buộc tội sát hại khoảng 3.500.000 người, Höss trả lời "Không. Chỉ có 2.500.000 - số còn lại chết vì đói và bệnh tật"[32] Vào ngày 2 tháng 4 năm 1947, Höss bị kết án tử hình bằng phương pháp treo cổ. Bản án được thực thi vào ngày 16 tháng 4, địa điểm là bên cạnh lò thiêu của trại tập trung Auschwitz I ban đầu. Một giá treo cổ được xây dựng đặc biệt dành riêng cho Höss, tại vị trí của trại Gestapo.